判断苔藓的种类和特征水槽管理中首先重要的是准确判断出现的苔藓种类。因为苔藓种类不同，原因和处理方法也不同，判断错误会导致对策适得其反。
绿藻（绿色苔藓）
玻璃面上呈现薄绿膜状的最常见苔藓。光照过多或硝酸盐·磷酸盐积累是主要原因。用刮泥刀可以轻松清除，吃藻生物也喜欢吃它。通过定期维护容易管理。
褐藻（硅藻）
初期建立的水槽中常见的褐色粉状苔藓。在细菌还未定着的不稳定时期容易发生，随着水槽成熟会自然消失。清道夫鼠鱼和日本米虾会积极地吃掉它。
黑胡须藻（红藻的一种）
发生在过滤器排水口附近、沉木·石头边缘等有水流的地方，呈黑灰色纤维状苔藓。磷酸盐过多是主要触发因素，一旦定着就很顽固。早期发现和早期处理是铁则。
丝状藻
呈细丝状的绿色苔藓，放置不管会缠绕水草并阻碍其生长。富营养化（硝酸盐·磷酸盐过多）和照明时间过长是主要原因。日本米虾喜欢吃它。
蓝藻（蓝绿菌）
呈青绿色膜状，散发独特的腐烂气味。实际上不是苔藓，而是细菌的一种，在水流弱的地方和底床容易堆积有机物的环境中发生。处理方法与其他苔藓不同，有时候具有抗菌作用的药物会有效。
斑点状绿藻
附着在玻璃面上呈点状的非常硬的苔藓。由强光照和硝酸盐增加引起，用塑料刮泥刀很难清除，需要用金属刮泥刀或剃须刀刃。
苔藓大量发生的根本原因苔藓具有当「光·营养·二氧化碳」的平衡被破坏时，比水草更先繁殖的性质。通常会同时存在以下几个原因。
照明点灯时间·强度过度
合适的点灯时间为每天8～10小时为目标。超过10小时后苔藓会逐渐占优势。用定时器保持照射时间恒定是基础中的基础。另外，过强的照明会给苔藓提供水草无法处理的光能。
营养盐（硝酸盐·磷酸盐）的积累
饵料残渣、生物排泄物、枯死水草的叶子等分解时会增加硝酸盐·磷酸盐。这成为苔藓的营养源。提高换水频率或使用吸附剂去除营养盐很重要。
CO₂不足导致的水草衰弱
水草进行正常光合作用需要CO₂。CO₂不足时水草活力会下降，无法消耗完营养，剩余营养就会被苔藓利用。引入CO₂添加器是非常有效的根本改善方法。
换水不足·生物过度饲养
如果疏于换水，营养盐会不断积累。另外，如果水槽中的生物过多，排泄量会超过处理能力，导致苔藓爆炸性增长。作为参考，60厘米水槽中大约10～15条中等大小的鱼是合适的。
充分利用吃藻生物引入会自然吃苔藓的生物是预防和管理两方面都非常有效的手段。根据水槽规模和生物组成来选择。
日本米虾
是水族箱中经典的吃藻生物。从丝状藻到褐藻都吃，其食欲压倒性强。60厘米水槽中5～10只为目标。但如果有大型鱼或肉食鱼，要注意它们会被捕食。
南美小虾
比日本米虾小，繁殖也容易。适合除去水草水槽中的褐藻和绿藻。能够大量繁殖来提高除藻能力也是优点。
清道夫鼠鱼·黑清道夫
细心地吃玻璃面和水草叶子上的褐藻。性格温和不伤害其他鱼，非常适合水草水槽。引入多条会更有效果。
丛生胡子鲶·异形鼠鱼
小型胡子鲶的一种，以刮吃玻璃面和沉木上的苔藓。与大型胡子鲶不同，即使在30～60厘米水槽中也容易饲养，也可以繁殖。
暹罗飞狐
以吃黑胡须藻的少数生物而闻名。但成长后领地意识变强，对同种或近缘种可能会有攻击性，所以一个水槽1～2只比较合适。
石螺·黄金螺
非常擅长除去玻璃面苔藓的贝类。虽然产卵，但在淡水中不会孵化，所以不用担心意外增殖。也容易在小水槽中引入。
黑胡须藻·蓝藻的特殊处理方法黑胡须藻和蓝藻对一般的苔藓对策效果不佳，需要专门处理。
黑胡须藻用木醋液·食醋处理
将从水槽取出的布景素材用刷子直接涂抹木醋液或食醋，放置2～3分钟。黑胡须藻变红是处理成功的信号。之后充分冲洗后放回水槽。如果水草附着其上，可以稀释食醋使用，或用注射器向患部直接少量注射双氧水也很有效。
磷酸盐的管理是根本解决
要防止黑胡须藻复发，最重要的是降低磷酸盐。将磷酸盐吸附剂（如Rowaphos等）放入过滤器、增加换水频率至每周1～2次、重新审视饵料量等对策组合使用。
蓝藻用红霉素·木醋液
蓝藻是细菌的一种，所以观赏鱼用抗菌药（如Green F Gold等）和木醋液很有效。同时改善水流和清洁底床，防止有机物堆积是防止复发的关键。
防止苔藓发生的水槽管理习惯苔藓对策的最终目标是「维持不易生长苔藓的环境」。将以下习惯融入日常管理。
用定时器管理照明，严格控制点灯时间为8～9小时。换水以每周1次·水量30%为目标进行，彻底坚持每月清洁1次过滤器。控制饵料量为鱼能在2～3分钟内吃完的量，必须除去食物残渣。适当密度种植水草，通过光合作用消耗营养也直接关系到苔藓预防。
水槽中的苔藓也是「告知水槽状态的信号」。通过观察什么苔藓在哪里发生，能够早期察觉水质和环境问题。虽然完全消除苔藓很难，但通过适当的管理和对策组合，完全可以长期维持美丽的水景。